ich würde Dir empfehlen, beim Programm einfach immer dort wo du nicht weißt was berechnet wird ein printf("%d", variable); eingeben damit du siehst was geschieht. Die Durchläufe der if Bedingung für den Test einfach auf 5 setzten, dann musst Du nicht 50 Mal eine Zahl eingeben!
Dann würde ich einfach mit dem einfachsten anfangen. Also in Deinem Fall mit der besten Note! Wie schon von Anderen erlärt würde ich eine if Bedingung machen und in diese musst du dann herausfinden welche die kleinste Note ist. Also alle Indexe vergleichen und eventuell musst du Dir die beste Note irgenwo abspeichern.